معظم له اکنون دارای 6 فرزند هستند.
نام خانوادگی همسر ایشان«خجسته» است. نام دخترانشان بشری و هدی، و نام فرندان پسرشان سید مصطفی، سیدمجتبی، سیدمسعود و سیدمیثم است. دو تن از فرزندان پسر ایشان ? سال در جبهه‌های جنگ ایران و عراق حضور داشتند.
یکی از دختران ایشان همسر فرزند آیت الله محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری است که ضمن آراستگی به لباس شریف روحانیت و علم دین در دانشگاههای کشور نیز به تدریس متون حقوقی به زبان فرانسه اشتغال دارند و دختر دیگر ایشان همسر فرزند آیت الله باقری کنی از علمای تهران است.
سید مصطفی فرزند بزرگ ایشان با دختر آیت‌الله خوشوقت ازدواج کرده است. سید مجتبی داماد دکتر غلامعلی حداد عادل است. سید مسعود نیز با فرزند آیت‌الله خرازی و خواهر صادق خرازی ازدواج کرده است. سید میثم کوچکترین فرزند ایشان نیز به ازدواج دختر آقای لولاچیان از بازاریان متدین در آمده است.
مقام معظم رهبری همچون امام راحل فرزندان خود را از فعالیت های سیاسی و اقتصادی مبرا داشته و به ایشان توصیه کرده اند که در کارهای اقتصادی وارد نشوند.
از راست به چپ: حجت الاسلام سید میثم خامنه ای- حجت الاسلام سید مصطفی خامنه ای- آیت الله مجتهدی- حجت الاسلام سید مجتبی خامنه ای- حجت الاسلام سید محسن خامنه ای. توضیح اضافه اینکه هر ? پسر رهبر شاگرد آیت الله مجتهدی بودند.
حجت‌الاسلام و المسلمین احمد مروی «دامت برکاته» در این رابطه چنین بیان داشتند:ایشان چهار فرزند پسر دارند که هر چهار نفر، طلبه و معمم هستند و حقیقتاً هم درس می‌خوانند. خوب هم درس می‌خوانند. من با اینها مأنوسم،این توفیق را دارم. اُنسی دارم، نشست داریم، صحبت می‌کنیم. یک بار ندیده‌ام که اینها راجع به پولی، امکاناتی و چیزهای از این قبیل صحبت بکنند. گویی افرادی معمولی هستند و پدرشان هم یک فرد معمولی است.
فرزندانشان بیشتر همین مسائل درس و بحث برایشان مطرح است و نگرانی‌هایی که نسبت به مردم و نسبت به زندگی طلاب و نسبت به قضایای دیگر دارند، همان دغدغه‌هایی است که خود آقا دارند این خیلی ارزش دارد که امکانات باشد و موقعیت فراهم باشد وهیچ اقبالی به آن نشان داده نشود. این خیلی ارزشمند است. برای خود حضرت آقا، همه رقم امکانات هست ولی هیچ اقبالی ما نمی‌بینیم. نه خودشان، نه خانواده‌شان!
قطعاً خود حضرت آقا دوست ندارند که بستگانشان و مخصوصاً آقازاده‌ها‌یشان در کارهای اقتصادی باشند، قطعاً این را آقا نمی‌پسندند.خود اینها هم، هیچ رغبتی و هیچ اقبالی ندارند. حالا به هر صورت این جور تربیت شده‌اند که هیچ اقبالی به این چیزها ندارند.
فرزندانشان بیشتر همین مسائل درس و بحث برایشان مطرح است و نگرانی‌هایی که نسبت به مردم و نسبت به زندگی طلاب و نسبت به قضایای دیگر دارند،همان دغدغه‌هایی است که خود آقا دارند. این که آنها برای خودشان دنبال آینده‌ای باشند زندگی، مال، منال، پول، پس‌انداز اصلاً وجود ندارد. اگر بود، من مطلع می‌شدم. چون خیلی با اینها مأنوسم. من چنین چیزی واقعاً در اینها ندیده‌ام
